Безконтрольне застосування ІПП може спричинити підвищений ризик розвитку пневмонії та інфекції Clostridium difficile в умовах стаціонару. FDA винесло застереження щодо можливого ризику розвитку остео-порозу та переломів, гіпомагніємії на тлі прийому ІПП.

Капсули препарату Рабепразол-СЗ слід ковтати цілими. Встановлено, що ні час доби, ні вживання їжі не впливають на активність рабепразолу. При виразковій хворобі шлунка у стадії загострення та виразці анастомозу рекомендується приймати внутрішньо по 10 мг або по 20 мг один раз на день.

Тривалий прийом інгібіторів протонної помпи підвищував ризик розвитку діабету Ризик розвитку діабету 2-го типу виявився підвищеним у пацієнтів, які довгостроково приймали інгібітори протонної помпи . Найвищу ймовірність появи захворювання виявлено у людей, які приймали препарати понад два роки.

Довготривале застосування ІПП сприяє зловживанню ліками та наражає пацієнтів на ризик виникнення небажаних лікарських взаємодій і побічних ефектів (наприклад, діареї, головного болю, переломів кісток). Це також призводить до високого тягаря витрат на охорону здоров’я.