Щеплюватися можна будь-якої пори року, але краще імунізацію проводити в зимові місяці або ранньою весною до початку активності кліщів. Основна схема імунізації складається з 3 щеплень – двох вакцинацій з інтервалом від 1-3 до 5-7 місяців та ревакцинації через 9-12 місяців.

Вакцинацію від кліщового енцефаліту можна, можливо проводити та влітку, наприклад, якщо має бути подорож у природне вогнище кліщового енцефаліту. У такому разі захисний рівень антитіл з'являється через 21-28 днів (залежно від вакцини та схеми вакцинації).

Тяжкі алергічні реакції на попереднє введення вакцини; СНІД; онкологічне захворювання; тимчасово при ГРЗ та загостренні хронічних захворювань.

Згідно з інструкцією вакцинацію можна, можливо проводити не раніше, ніж за 2 тижні після одужання — імпортною вакциною, і не раніше, ніж за 1 місяць — вітчизняною.