Згідно з інструкцією з медичного застосування бактеріофаги рекомендується приймати за годину до їди. Малюкам перших місяців за відсутності блювоти і відрижки можна змішувати з грудним молоком або з невеликою кількістю кип'яченої води у співвідношенні 1:2 у перші два прийоми.

Дітям перших днів життя у перші два прийоми стафілококовий бактеріофаг розводять кип'яченою водою вдвічі. У разі відсутності побічних реакцій (відрижка, висипання на шкірі) надалі застосовують нерозведений препарат. У цьому випадку його можна змішати із грудним молоком.

Препарат застосовують через рот 3 рази на добу за 30 хвилин до годування. У випадках неприборканого блювання препарат застосовують у вигляді високих клізм (через газовідвідну трубку або катетер) щодня. Можливе поєднання ректального (у вигляді високих клізм) та перорального застосування препарату.

При гастроентероколіті, панкреатиті, холециститі, а також дисбактеріозі кишечника бактеріофаг приймають внутрішньо у вікових дозах 3 рази на день за 1 годину до їди протягом 7-15 днів (за клінічними показаннями). При неприборканому блюванні препарат застосовують у вигляді високих клізм 2-3 рази на день по 20-40 мл.