Історично населення різних острівних держав більш ранньої епохи сповідувало буддизм, у внутрішніх районах — анімізм, шаманізм тощо. Іслам почав активно поширюватися серед індонезійських народів у XIII—XV століттях завдяки діяльності арабських та індо-мусульманських купців і проповідників.

У 1400 року нащадки імператорів Шріваджаї теж прийняли іслам та заснували Малакський султанат на однойменному півострові. Остаточне прийняття ісламу на острові Ява відбулося в XV столітті і пов'язане з ім'ям принца Рахмата та його сподвижникам, які отримали надалі найменування «дев'ять святих».

Більшість мусульман країни — суніти, хоча мешкає також близько мільйона шиїтів, сконцентрованих у районі Джакарти. Торговці із західної Індії, які були переважно мусульманами, почали відвідувати західні острови. Індонезії починаючи з XII ст.