Часте використання клізми може викликати звикання кишечника до частої стимуляції, у результаті можуть виникнути проблеми з його випорожненням від калових мас. Ця процедура може порушити баланс корисної мікрофлори, що знаходиться в кишечнику через її змивання зі слизовою оболонкою, а також надмірне її пересушування.

Рідина, що вводиться через задній прохід у пряму кишку, має механічний і термічний вплив на кишечник, посилює перистальтику кишечника, розпушує калові маси.

Тим, у кого ослаблена імунна система. Людям з порушеннями імунітету, спричиненими такими захворюваннями, як, наприклад, СНІД чи лейкемія, не можна робити клізму через ризик занести патогенні бактерії в кишечник. Імунна система може не впоратися із бактеріальною атакою. Людям із гемороєм чи випаданням прямої кишки.