Йода зумів вижити під час наказу 66. Після невдалої дуелі з Дартом Сідіусом пішов у добровільне вигнання на планету Дагоба, де й помер природною смертю у 4 ПБЯ.

«Епізод VI: Повернення джедаю» Йода каже Люку, що той завершив своє навчання, але повноцінним джедаєм нового покоління стане, коли зустрінеться зі своїм батьком, Дартом Вейдером. Потім Йода помирає у віці 900 років і, нарешті, повністю зливається із Силою.

Наприкінці серії виявляється, що метою насправді було немовля безіменної раси, до якої належав магістр. Йода. Її представники довго живуть і повільно старіють — того ж Йоді на момент смерті було понад 900 років. Глядачі відразу прозвали нового персонажа малюком Йодою.