Головою Ради директорів і президентом компанії було призначено Сергія Муравленка. У 2001 році Михайло Ходорковський називав Муравленка серед реальних співвласників компанії “ЮКОС”. У 2002 році “ЮКОС” назвала Муравленка серед бенефіціарів Group MENATEP Ltd, якому належить 61 % акцій “ЮКОСа”.

Суд визнав Пічугіна винним у тому, що він за дорученням співвласника “ЮКОСа” Леоніда Невзліна організував такі злочини: вбивство подружжя Горіних, замах на Ольгу Костіну, побиття Сергія Колесова. 14 липня 2005 року Верховний суд Росії залишив чинним вирок Мосміськсуду.

Справа ЮКОСа – події, пов’язані з кримінальним переслідуванням основних співвласників ВАТ “Нафтова компанія “ЮКОС”” (ЮКОС), які спричинили низку суперечок у суспільстві та справили значний вплив на політичне життя й діловий клімат у Росії.

16 травня 2005 року Міщанський районний суд ухвалив вирок щодо Ходорковського, Лебедєва і Крайнова.