Події гри починаються 1 травня 2012 року. Під час нічної грози через влучання блискавки розбивається вантажівка, що перевозить тіла мертвих людей угруповання “Моноліт”. Вранці випадковий сталкер виявляє уламки вантажівки, і під час їх обстеження знаходить єдиного вцілілого – головного героя.

У ніч на 26 квітня 1986 року сталася аварія на Чорнобильській АЕС, унаслідок якої місцевість навколо станції перетворилася на зону відчуження і стала суворо охоронятися.

20 березня 2007 року гру було офіційно випущено. Незабаром було випущено перший патч, що оновлює гру з версії 1.0000 до 1.0001 і усуває безліч багів і недоліків у грі.

Дія гри відбувається в постапокаліптичній зоні відчуження Чорнобильської АЕС, де – крім аварії 1986 року – 2006 року сталася друга катастрофа, унаслідок якої фізичні, хімічні та біологічні процеси на цій території змінилися, з’явилася безліч аномалій, артефактів і істот-мутантів.