Переважно: чого хоче, чого хочеш.

Що я чекаю чи на що я чекаю?

Правильно: чекати чогось (при поєднанні з абстрактними іменниками або конкретними, але вжитими з відтінком невизначеності: очікувати приходу гостей, звісток, літньої погоди) і чекати на когось (при поєднанні з одухотвореними іменниками або неживими, але вжитими з відтінком).

Що та як де кома?

"Що є те є"; «Новгородські поїхали дізнатися(,) що та як»? Дякую. Коми ставляться.