П. ділять на 5 класів: саркодові, джгутикові, споровики, інфузорії, кнідоспоридії. Є кілька прогресивних філогенетичних ліній, що ведуть до утворення великих таксонів – форамініфер, радіолярій, інфузорій, у яких морфо-фізіологічне диференціювання найбільш складне.

Підцарство Найпростіші складається з трьох типів: Саркомастигофори, або Саршкіркожгутикові; Апікомплекси, або Споровики: кокцидія, малярійний плазмодій, токсоплазма; Інфузорії, або Війкові: інфузорія-туфелька, сувойка, балантидій.

Налічується близько 70 тис. видів одноклітинних тварин (або найпростіших). До них належать амеба, інфузорія-туфелька, радіолярія тощо. Єдина клітина найпростішого живе як цілісний організм.