Пагони розгалужуються дихотомічно (вильчато), у перерізі округлі (радіально-симетричні) або сплюснуті, двосторонні. Листки дрібні, зазвичай лусковидні, без язичків, численні, у більшості видів чергові, густо вкривають пагони, притиснуті або відстовбурчені, часто із середньою жилкою.

Плауни – низькорослі, сильно розгалужені рослини. Вони повзучі, мають підняті гілки, які вкриті дрібними листоподібними наростами. Спори їхні утворюються в окремих органах – стробілах.

Для всіх плаунів характерне дихотомічне розгалуження пагонів. У разі рівної дихотомії всі пагони займають вертикальне положення, а коріння пучком розташовуються біля основи головного пагона.

Плауни відрізняються від мохів справжнім корінням, стеблами і листям. Стебло у плаунів зазвичай стелиться по землі й утворює вертикальні пагони зі спороносними колосками на кінцях. У тропіках ростуть епіфітні плауни, які звисають з гілок дерев красивою бахромою. Усі спори в цих плауновидних ідентичні.