Лікар вводить в уретру стерильний дактроновий або ватний тампон із вузьким аплікатором на глибину два-чотири сантиметри. Потім аплікатор повільно виймає, обережно обертаючи. Отриманий матеріал лікар наносить на скло для мікроскопічного дослідження.

Стерильний одноразовий зонд вводять в уретру на глибину 3-4 см і роблять зішкріб зі слизової уретри. За дуже мізерних виділень пацієнтам можна провести легкий масаж сечовипускального каналу, а потім проводити взяття матеріалу.

Перед здачею мазка з уретри на флору пацієнту рекомендується помочитися не пізніше, ніж за 2-3 години до дослідження. Напередодні відвідування лікаря слід провести ретельний туалет статевих органів, щоб результати аналізу були максимально достовірними.