Інспекція перебуває в безпосередньому підпорядкуванні Управління ФНС Росії по суб’єкту Російської Федерації (суб’єктам Російської Федерації, які перебувають у межах федерального округу) (далі – Управління) і підконтрольна ФНС Росії та Управлінню.

Міністерства фінансів Російської Федерації Федеральна податкова служба перебуває у віданні Міністерства фінансів Російської Федерації.

Скаргу подають до податкового органу вищого рівня, але через податковий орган, чиї документи, дії або бездіяльність оскаржуються. Тобто скаргу надсилають на адресу податкового органу, документи, дії або бездіяльність якого оскаржуються, і саме він надішле її до податкового органу вищого рівня (п. 1 ст. 139 ПК РФ).

Розпорядженням Уряду Російської Федерації від 17 січня 2020 р. № 21-р Данила Єгорова призначено керівником Федеральної податкової служби.